Apport des outils de biologie moléculaire dans l'étude et la surveillance du SARS-CoV-2 au cours de la pandémie de COVID-19
Dans le contexte de la pandémie de COVID-19, des outils de biologie moléculaire innovants ont été mis au point et utilisés à une échelle sans précédent pour l'identification et l'analyse du génome du SARS-CoV-2. Parmi ces outils, le séquençage de nouvelle génération a joué un rôle essentiel dans la compréhension de la physiopathologie du SARS-CoV-2, le suivi en temps réel de la dynamique de la pandémie et l'étude de l'évolution du virus. Cette thèse se propose d'évaluer la contribution de ces outils de biologie moléculaire selon trois axes distincts. Tout d'abord, en décrivant la diversité virale au sein de la population générale de la région Île-de-France tout au long de l'année 2020. Ensuite, en étudiant les transmissions nosocomiales de la COVID-19 lors de la deuxième vague épidémique au sein du Groupement Hospitalier Sorbonne Université. Et enfin, en décrivant l'apparition de mutations de résistance chez des patients à haut-risque traités par anticorps monoclonaux.